в

На фоне сообщений, что еще одна страна отменяет антиковидные…

На фоне сообщений, что еще одна страна отменяет антиковидные ограничения, практически незамеченной прошла любопытная работа исследователей из нескольких американских университетов, опубликованная в Nature Communications [1]. Авторы занимались тем, что с января 2021 года методично анализировали пробы из пунктов очистки сточных вод в Нью-Йорке на предмет наличия там последовательностей SARS-CoV-2. И практически сразу они начали находить там странные последовательности, которые не совпадали с последовательностями циркулировавших в Нью-Йорке штаммов коронавируса. С течением времени доля таких последовательностей рола, особенно в образцах нескольких станций очистки. Когда ученые проверили, способны ли псевдовирусы с такими последовательностями уходить от нейтрализующих антител, оказалось, что да, и весьма значительно – вплоть до полного ухода.

То есть гипотетический вирус, который несет в своем геноме эти участки, был бы а) нечувствителен к лечению моноклональными антителами и б) мог бы заражать переболевших и вакцинированных. Остается вопрос, существует ли такой вирус, и если да, то где. И большую часть работы авторы занимались поисками ответов. Даже статья написана не по классической схеме «введение – методы – результаты – дискуссия», а, скорее, по канонам детектива, когда расследователи одну за другой выдвигают гипотезы и проверяют их состоятельность.

Зараженные коронавирусом могут выделять вирусные частицы с фекалиями. Вероятнее всего, это не живой вирус, а его остатки, так как выделить активные вирусные частицы из образцов экскрементов за два года пандемии не удалось, но геном таких мертвых вирусов вполне можно использовать для мониторинга. Количество вирусных геномов в сточных водах хорошо отражает динамику эпидемии: когда в регионе болеет много людей, РНК вируса становится больше, когда заболеваемость идет на спад, концентрация генетических фрагментов в образцах тоже падает. До сих пор в большинстве работ, в которых анализировались сточные воды, распределение коронавирусов по штаммам примерно совпадало с тем, что ученые видели, расшифровывая РНК из носоглотки пациентов. Но в сточных водах Нью-Йорка уже в январе 2021 года начали появляться последовательности, не совпадавшие ни с какими из известных штаммов, а начиная с лета в некоторых образцах они и вовсе стали доминирующими.

Часть мутаций таких «вирусов Х» была абсолютно уникальной, другие же больше всего напоминали мутации в спайк-белке омикрона (по техническим причинам, ученые анализировали только последовательность спайка). Первым делом ученые предположили, что «вирус Х» давно существует и циркулирует, но просто до сих пор не попадал в геномные базы данных, так как в США, в общей сложности, расшифровывают 2-10% геномов от всех положительных образцов. Но странные последовательности преимущественно встречались в образцах только из нескольких станций очистки. Если бы они широко гуляли среди людей, такой географический привязки бы не наблюдалось, как не наблюдается ее для вирусов известных штаммов.

Второе предположение – «вирус Х» образовался в организме каких-то животных. SARS-CoV-2 может с разной эффективностью заражать сразу несколько видов, и последующие мутации приспособления к новому хозяину могли бы привести к появлению таких странных последовательностей. Ученые провели масштабные хитроумные изыскания, чтобы выяснить, кто из возможных обитателей Нью-Йорка мог бы стать таким новым хозяином, но к окончательному выводу так и не пришли. Под максимальным подозрением крысы, кошки и собаки, но ни для одного вида авторы не смогли найти четких доказательств, что именно в нем сформировался «вирус Х». Да, спайк-белок «вируса Х» хорошо узнает ACE2-рецепторы крыс и мышей, но, во-первых, спайк-белок вариантов бета и гамма тоже неплохо цеплялся к ним, а во-вторых, ученые не проверяли сродство спайк-белка к кошачьим и собачьим ACE2-рецепторам – подозреваю, потому что используемых в лаборатории линий клеток с такими рецепторами просто нет.

Что вы думаете?

Комментарии

Добавить комментарий

Ваш адрес email не будет опубликован. Обязательные поля помечены *

Загрузка

0

Бедные богатые

Самый неизвестный учёный России, часть 1В одном из…